La crypte située sous l'église circulaire en pierre de Renzo Piano abrite le corps incorrompu de Francesco Forgione, un frère capucin qui a porté les plaies du Christ pendant cinquante ans et est décédé en 1963 au monastère où il était arrivé en 1916.
Canonisé en 2002 par le pape Jean-Paul II, Padre Pio a attiré des millions de personnes à San Giovanni Rotondo de son vivant, et le flux de pèlerins n'a fait que s'intensifier depuis sa mort — aujourd'hui, le Sanctuaire de Saint Pie de Pietrelcina accueille plus de sept millions de visiteurs par an, ce qui en fait l'un des sites catholiques les plus visités au monde après le Vatican et Lourdes.
L'église d'origine, la Chiesa di Santa Maria delle Grazie, une modeste église de couvent du XVIe siècle où Padre Pio célébrait la messe quotidienne et entendait les confessions dans un confessionnal en bois pendant des décennies, demeure au cœur du complexe. La cellule du frère, préservée derrière une vitre à l'étage supérieur du monastère adjacent, est dépouillée et petite — un lit étroit, une table d'écriture, un crucifix — et traduit l'ascétisme qui a défini sa vie. En 2004, le nouveau sanctuaire conçu par Renzo Piano a été consacré par le pape Benoît XVI, son plan en spirale accueillant six mille fidèles sous un extérieur en calcaire extrait du massif du Gargano environnant. La crypte, accessible par une large rampe qui descend depuis la nef principale, est éclairée par de minces puits de lumière verticaux ; le tombeau de Padre Pio occupe une chapelle latérale dont les murs de pierre sont inscrits de prières en dizaines de langues.
Les pèlerins arrivent de toute l'Italie et au-delà, beaucoup voyageant depuis Rome lors d'excursions d'une journée au sanctuaire de Padre Pio qui partent avant l'aube et reviennent après la tombée de la nuit. Le trajet vers l'est traverse les Apennins et descend dans les Pouilles, un voyage d'environ quatre heures et demie dans chaque sens. Les excursions guidées comprennent généralement du temps dans l'ancienne église, la crypte et le chemin de croix qui serpente à travers les pinèdes derrière le monastère, ainsi que des visites optionnelles à la Grotta di San Michele à Monte Sant'Angelo, un sanctuaire troglodyte où l'archange Michel serait apparu au Ve siècle. Le sanctuaire est ouvert tous les jours de six heures du matin à sept heures du soir, et l'entrée est gratuite, bien que les foules augmentent en milieu de matinée et restent denses tout au long de l'après-midi. Pour ceux qui recherchent une visite contemplative, les premières heures offrent un accès plus calme à la crypte et à la cellule du frère, avant que les autocars de touristes n'arrivent de la côte et de l'intérieur des terres.
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