La cripta sotto la chiesa circolare in pietra di Renzo Piano custodisce il corpo incorrotto di Francesco Forgione, il frate cappuccino che ha portato le stimmate di Cristo per cinquant'anni ed è morto nel 1963 nel monastero dove era arrivato per la prima volta nel 1916.
Canonizzato nel 2002 da Papa Giovanni Paolo II, Padre Pio ha attirato milioni di persone a San Giovanni Rotondo durante la sua vita, e il traffico dei pellegrinaggi è aumentato notevolmente dopo la sua morte: oggi il Santuario di San Pio da Pietrelcina riceve più di sette milioni di visitatori all'anno, rendendolo uno dei luoghi cattolici più visitati al mondo dopo il Vaticano e Lourdes.
L'originaria Chiesa di Santa Maria delle Grazie, un modesto convento del XVI secolo dove Padre Pio celebrava quotidianamente la Messa e confessava in un confessionale di legno per decenni, rimane il cuore del complesso. La cella del frate, conservata dietro un vetro al piano superiore del monastero adiacente, è spoglia e piccola — un letto stretto, un tavolo da scrittura, un crocifisso — e trasmette l'ascetismo che ha definito la sua vita. Nel 2004, il nuovo santuario progettato da Renzo Piano è stato consacrato da Papa Benedetto XVI; la sua pianta a spirale può accogliere seimila fedeli sotto un esterno in pietra calcarea estratta dal massiccio del Gargano circostante. La cripta, raggiungibile tramite un'ampia rampa che scende dalla navata principale, è illuminata da sottili lucernari verticali; la tomba di Padre Pio occupa una cappella laterale le cui pareti di pietra sono incise con preghiere in decine di lingue.
I pellegrini arrivano da tutta Italia e dall'estero, molti viaggiando da Roma con gite di un giorno al santuario di Padre Pio da Roma che partono prima dell'alba e tornano dopo il tramonto. Il viaggio verso est attraversa gli Appennini e scende in Puglia, un tragitto di circa quattro ore e mezza per tratta. Le escursioni guidate includono solitamente tempo nella vecchia chiesa, nella cripta e sul percorso della Via Crucis che si snoda tra i pini dietro il monastero, oltre a visite facoltative alla vicina Grotta di San Michele a Monte Sant'Angelo, un santuario rupestre dove si dice che l'Arcangelo Michele sia apparso nel V secolo. Il santuario è aperto tutti i giorni dalle sei del mattino fino alle sette di sera e l'ingresso è gratuito, sebbene la folla aumenti verso metà mattina e rimanga densa per tutto il pomeriggio. Per chi cerca una visita contemplativa, le prime ore offrono un accesso più tranquillo alla cripta e alla cella del frate, prima che arrivino i pullman turistici dalla costa e dall'interno.
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